1999年7月11日,学校印发《北京大学关于成立学部学术委员会的通知》(校发〔1999〕86号),设立理学部,甘子钊担任首任学部主任,姜伯驹、赵新生、赵进东担任学部副主任。
2016年4月12日,学校印发《关于北京大学理学部班子任职的通知》(校发〔2016〕57号),聘任饶毅为北京大学理学部主任,方精云、吴凯、沈波为北京大学理学部副主任。
2019年11月6日,学校印发《关于谢晓亮、饶毅职务任免的通知》(校发〔2019〕326号),聘任谢晓亮为北京大学理学部主任,聘期三年。